引入ＨＡＣＣＰ體系還是引入ＩＳＯ９０００族標準質量管理體系，一直是食品生產企業關注的問題。 　　ＩＳＯ９０００族標準質量管理體系要求組織識別質量管理體系所需的過程及其在組織中的應用，確定這些過程的順序和相互作用，確定有效運行和控制過程所需的準則和方法，獲得必要的資源和信息來監視、測量和分析這些過程，通過對過程的管理和持續改進來實現策劃的結果，以此達到增強顧客滿意。ＨＡＣＣＰ體系則要求企業通過對食品加工過程中的危害進行分析，確定加工過程的關鍵控制點（ＣＣＰｓ），對每一個關鍵點建立關鍵限值并確定預防措施，監測每一關鍵控制點，當監測顯示已建立的關鍵限值發生偏離時，采取糾偏措施，并建立ＨＡＣＣＰ體系的驗證程序，從而使食品安全衛生的潛在危害得到預防、消除或降低到可接受的水平。無論是ＨＡＣＣＰ體系還是質量管理體系，作為一種管理體系，兩者在管理的理念、方法上都是相容的，都著眼于控制過程而不是結果，體現了持續改進、全員參與的管理思想等。但二者還是有明顯的區別。 　　兩類管理標準的管理在目的、范圍和對象等方面有所區別，其區別主要體現在以下方面： 　　ＩＳＯ９０００族標準作為一種非強制性的質量管理體系標準，組織只是在自愿的基礎上采納該標準，而ＣＡＣ在其法規中規定強制采納ＧＭＰ和ＨＡＣＣＰ； 　　質量管理體系要求適合于所有組織，不論其類型、規模和提供的產品如何，該標準的所有要求都是適用的，而ＨＡＣＣＰ食品管理體系要求僅適用于食品工業領域； 　　ＩＳＯ９０００族標準所關注的對象是使顧客和其他相關方受益，而ＨＡＣＣＰ體系所關注的對象主要是顧客／消費者，因為ＨＡＣＣＰ主要針對食品的安全； 　　ＩＳＯ９０００族標準考慮的產品均為預期的產品，而ＨＡＣＣＰ體系中為了最大限度地保證消費者的安全，將產品非預期處置和用途也納入考慮范圍； 　　ＩＳＯ９０００族標準體系強調對影響顧客和相關方滿意的過程加以識別和控制，ＨＡＣＣＰ強調食品中所含有的對人體健康有不良影響的因素或條件進行分析，從而識別顯著危害，對顯著危害進行控制，因此，ＩＳＯ９０００族標準體系能促使組織提高顧客／相關方滿意的能力，而ＨＡＣＣＰ體系是針對食品的安全進行管理，以確保產品對用戶／消費者無害。 　　因此，兩個體系不能簡單等同或取代，可以認為ＨＡＣＣＰ的應用與質量管理體系（ＩＳＯ９０００族標準）的實施是相容的，只有將兩種管理體系要求視作為一個協調的有機整體、相輔相成，才能使企業在市場競爭中立于不敗之地。